W czerwcu 1940 roku Sowieci przeprowadzili trzecią masową deportację, która objęła przede wszystkim uciekinierów z zachodniej i centralnej Polski. Wśród deportowanych znaczną część stanowiła ludność pochodząca z dużych ośrodków miejskich i miasteczek, intelektualiści reprezentujący różne zawody, m.in.: nauczyciele, Deportacje obywateli polskich w głąb ZSRR w latach 1939-1941 lekarze, inżynierowie, konstruktorzy, pracownicy wyższych uczelni, specjaliści budowlani.
Masa uchodźców, którzy uciekali przed niemieckim okupantem, zmierzała w kierunku wschodniej granicy, oczekując wsparcia i możliwości tymczasowego osiedlenia na terytorium Związku Sowieckiego. W rezultacie na Kresach Wschodnich II RP znalazło się ok. 300 tys. uchodźców z zachodniej i centralnej Polski. Wśród nich największą grupę stanowili Żydzi, których sytuacja pod względem prawnym i zwyczajnie ludzkim była już od kilku lat beznadziejna. Żydzi ratowali się ucieczką przed represjami i okrucieństwem niemieckim porzucając swoje domy i ukrywając spieniężony majątek. Kierowali się zwłaszcza do dużych ośrodków miejskich na wschodzie tj.: Wilno, Białystok, Brześć, Łuck, Lwów, Tarnopol i Stanisławów, gdzie szukali dalszych kontaktów i możliwości przetrwania.
Kilka miesięcy wcześniej strony biorące udział w rozbiorze II RP, podpisały porozumienie, na mocy którego nastąpić miała wymiana uchodźców z Polski. Na wschód mogli wyjechać Białorusini i Ukraińcy, którzy przebywali w strefie niemieckiej, natomiast na zachód – Niemcy osiedleni w strefie radzieckiej. Pierwsi przesiedlenia rozpoczęli Sowieci, którzy utworzyli na obszarze Generalnego Gubernatorstwa trzy radzieckie komisje ewakuacyjne (w Białej Podlaskiej, Jarosławiu i Hrubieszowie). Natomiast nieco później przesiedlenia rozpoczęli Niemcy, tworząc po wschodniej stronie linii demarkacyjnej swoje punkty kontrolne (w Brześciu, Włodzimierzu Wołyńskim i Przemyślu). Akcja przesiedleńcza trwała od lutego do połowy maja 1940 r. W związku z bardzo dużą liczbą deklaracji po stronie radzieckiej, Niemcy postanowili przyjąć do swojej strefy tylko tych, których „władze III Rzeszy będą uważały za odpowiednie”. Dotyczyło to zwłaszcza osób narodowości niemieckiej, które jako koloniści osiedlone były na Kresach Wschodnich. Podczas selekcji kategorycznie zostały odrzucone listy osób pochodzenia żydowskiego, co dawało pretekst stronie radzieckiej do uznania tej grupy uchodźców jako wrogów ludu o antysowieckim nastawieniu.
Stanowisko władz sowieckich miało jeszcze jedno bardzo ważne znaczenie. 28 czerwca 1940 roku ambasadorowi rumuńskiemu w Moskwie Grigoremu Gafencu zostało wręczone ultimatum, w którym informowano, że ZSRR anektuje Besarabię oraz północną Bukowinę z Czerniowcami. W myśl dalszych ustaleń tereny zajęte przez ZSRR zostały wcielone do Ukraińskiej SRR (żupy białogrodzkie i izmailskie na południu oraz chocimskie na północy), natomiast z pozostałych obszarów utworzono Mołdawską SRR ze stolicą w Kiszyniowie. Czerwcowa aneksja terenów skutkowała exodusem 137 tys. zamieszkującej je ludności niemieckiej i rumuńskiej, która pozostawiła po sobie gospodarstwa rolne. Powstałą lukę demograficzną władze radzieckie postanowiły wypełnić uchodźcami, prowadząc akcję do końca 1940 r. Wśród nich znalazło się nie mniej jak 30 tys. chłopów polskich, ukraińskich, bojkowskich z Małopolski Wschodniej i Wołynia.
Podstawę prawną czerwcowych deportacji stanowiła decyzja Biura Politycznego KC WKP(b) z 2 marca 1940 r. w sprawie deportacji „bieżeńców” oraz uchwała RKL ZSRR z 10 kwietnia 1940 r. w sprawie przesiedlenia uchodźców do północnych rejonów ZSRR, rozmieszczeniu ich w osiedlach specjalnych i wykorzystaniu do prac leśnych.
29 czerwca 1940 roku Sowieci przystąpili do masowych wywózek w głąb ZSRR. Trójki operacyjne zabierały pod eskortą NKWD rodziny, które w pośpiechu pakowały swój dobytek. Najczęściej były to rodziny małodzietne i zdekompletowane. Bagaż oraz jego zawartość musiały być dostosowane do wymogów podróży (zgodnie z wytycznymi władz sowieckich). Aresztowania służby NKWD dokonywały najczęściej rano, kiedy zaskoczone rodziny jeszcze spały. Następnie wysiedleńców zawożono do punktu zbornego i na stację kolejową, gdzie dokonywano załadunku do podstawionych eszelonów.
W efekcie przeprowadzonej akcji przesiedlono 80 653 osoby, w tym 7 224 rodzin (22 879 osób) z Zachodniej Białorusi i 24 700 rodzin (57 774 osoby) z Zachodniej Ukrainy. Do grupy czerwcowej należy doliczyć dodatkowo nie mniej jak 16 617 „odinoczek” (osób samotnych), z czego z Zachodniej Ukrainy – 9 275 i Zachodniej Białorusi – 7 342 osoby. Większość deportowanych stanowiła ludność narodowości żydowskiej (84,6%), następnie Polacy (11%), Ukraińcy (2,3%), Białorusini (0,2%) oraz inne narodowości (1,9%).
Deportowanych wywieziono do 251 „spiecposiołków” i umieszczono ich, podobnie jak przesiedleńców lutowych, w autonomicznych republikach radzieckich: Jakuckiej, Komi i Maryjskiej, w krajach: Ałtajskim i Krasnojarskim, oraz w obwodach RFSRR: archangielskim, czelabińskim, gorkowskim, irkuckim, mołotowski, nowosybirskim, omskim, swierdłowskim i wołogodzkim. Kontrolę nad „bieżeńcami” sprawowało 158 komendantur NKWD.
Zgodnie z zawartymi umowami pomiędzy NKWD i Komisariatami Ludowymi ZSRR, zesłańcy trafili m.in. do: Narkomles – 33 927 osób, COLES NKPS – 9 816 osób, Narkomcwietmiet – 7 184 osoby oraz obozów leśnych NKWD – 21 375. Wśród nich było ponad 22 tys. dzieci do lat 16.
Warunki, w jakich przebiegała akcja deportacyjna, zasadniczo nie różniły się od pozostałych. Nadal nie było praktycznie żadnej opieki lekarskiej. Żywność i wodę przesiedleńcy mieli racjonowaną do minimum. Nieco lepiej natomiast wyglądały warunki podczas transportu. Sowieci przydzielali jeden wagon na dwie rodziny.
Z analizy literatury źródłowej wynika, że nie wszyscy badacze zgadzają się co do liczby osób deportowanych w czerwcu 1940 r. W tej kwestii jest wiele luk do uzupełnienia. Jest to dowód na to, że nadal powinny być prowadzone badania nad zsyłkami w głąb ZSRR z uwzględnieniem materiałów archiwalnych Moskwy i Londynu.
Arkadiusz Szymczyna